سویا (Glycine max L.) یکی از گیاهان روغنی مهم در دنیا است که سهم عمدهای در تامین روغن و پروتئین خوراکی انسان و دام دارد. این پژوهش با هدف بررسی تنوع ژنتیکی ژرم پلاسم داخلی سویا در سال 1392 در کرج انجام گردید. بدین منظور زمین آزمایشی با انجام عملیات معمول زراعی آماده و 354 ژنوتیپها به هفت گروه شامل چهار گروه 51 تائی و سه گروه 50 تائی تقسیم و ژنوتیپهای هر گروه در دو ردیف سه متری با دو تکرار کشت گردید. در طول فصل رشد و زمان برداشت ژنوتیپها از نظر خصوصیات زراعی، مرفولوژیکی و فنولوژیکی ارزیابیشدند. تجزیه واریانس براساس طرح آشیانهای نشان داد که بین گروههای ژنوتیپی از حیث کلیه صفات مورد بررسی و بین ژنوتیپهای داخل گروه از حیث صفات عملکردی، طول دوره پرشدن دانه و تعداد روز تا گلدهی اختلاف منعیدار وجود دارد. بیشترین تنوع تغییرات فنوتیپی برای صفات عادت رشدی (55 %)، عملکرد دانه (40 %)، بدست آمد. دامنه تغییرات صفات عملکرد دانه 7/25 – 1/2 گرم، طول دوره رشد 126 – 86 روز ، و وزن صد دانه 7/24 – 8/6 گرم بود. تجزیه کلاستر ژنوتیپها را در چهار کلاستر قرار داد که اغلب ژنوتیپها در کلاستر 1 دیررس و رشد نامحدود، در کلاستر 2 رشد محدود با دوره رشد متوسط، در کلاستر 3 پرمحصول و زودرس و در کلاستر 4 اغلب کم ارتفاع و کم محصول، رشد نیمهمحدود بودند. الگوی پراکنش ژنوتیپها توسط نمودار دو مولفه صفات فنولوژیکی (PC1) و مولفه عملکردی (PC2) تطابق خوبی با نتایج تجزیه خوشهای داشت.